Mesimarjan jalostuksessa tavoitteina ovat satoisuuden parantaminen, marjakoon kasvattaminen, kyky itsepölytykseen sekä lehtihometta kestävien kantojen kehittäminen. Tähän mennessä tavoitteita ei ole onnistuttu saavuttamaan.
Viljelytutkimus oli laajimmillaan 1980- ja 1990-luvuilla, kun likööriteollisuudessa huolestuttiin luonnonmarjan vähenemisestä. Kuopion yliopistolla on ollut merkittävä rooli 1990-luvun marjakasvien tutkimus- ja kehityshankkeissa. Tavoitteena on ollut parantaa mesimarjan viljelyn mahdollisuuksia Itä-Suomessa, kehittää kasvien nykyaikaisia solukkolisäysmenetelmiä sekä tunnistaa mesimarjan taudinaiheuttajat. Hankkeissa on tehty tiivistä yhteistyötä marjanviljelijöiden, viljelyneuvojien ja jatkojalostajien kanssa. Tällä hetkellä markkinoilla on seitsemän mesimarjalajiketta, mutta joka vuosi varmasti satoa tuottavaa lajiketta ei ole onnistuttu kehittämään.