Mesimarjalla on useita satotappioita aiheuttavia tuholaisia ja monet vadelmien ja mansikoiden tuholaiset viihtyvät myös mesimarjassa. Vadelmakuoriaisen toukille, tutuille ”vattumadoille”, mesimarjat maistuvat siinä missä villivadelmatkin. Vadelmapensaiden raivaaminen pois mesimarjaviljelmän lähistöltä on tehokkaimpia vadelmakuoriaisen torjuntatapoja.
Merkittävimmät satotappiot aiheuttaa mesimarjan lehtihome. Kasvin kukinta ja pölytys onnistuvat, mutta marjanalkioiden kehittyessä lehtihomeen aiheuttama tauti vioittaa kasvin lehtiä, kuivattaa kehittyvän luumarjan mallon ja tuhoaa alkion. Tuhoisimpia vauriot ovat viileinä ja sateisina kesinä, jolloin lehtihome voi tuhota suurimman osan sadosta. Kemiallisten torjunta-aineiden käyttö on ongelmallista mahdollisten jäämien vuoksi. Viljelijän on siksi viisainta käyttää lehtihometta parhaiten sietäviä lajikkeita ja istuttaa vain terveitä taimia. Koska lehtihome leviää herkästi, tulee oirehtivat kasvit poistaa viljelmältä heti ja välttää turhaa pellolla kuljeskelua. Parhaiten lehtihometta kestävät mesimarjalajikkeet ovat ’Muuruska’ ja ’Mespi’.