Risteymien käyttö viljelyssä
Mesimarjan pienuus ja heikko satoisuus ovat toimineet kannustimina erilaisiin risteytyskokeisiin. Mesivadelma on mesimarjan ja vadelman risteymä, jota on kehitetty erityisesti teollisuuden tarpeita varten. Satoisuudeltaan se on vadelman luokkaa mutta sen aromi ei vedä vertaa aidolle mesimarjalle. Mesimarjan ja alaskanmesimarjan risteytys on jalomaarain, joka on Ruotsissa hieman suositumpi viljelykasvina kuin Suomessa. Se on mesimarjaa satoisampi ja marja on kookkaampi, mutta aromin esille tuominen vaatii runsaasti sokeria.
Luonnonvaraiset mesimarjaristeymät
Luonnossa mesimarja risteytyy vadelman, lillukan ja suomuuraimen kanssa. Lillukka (Rubus saxatilis) muistuttaa ulkonäöltään mesimarjaa, mutta eroaa siitä valkoisten kukkiensa ja hienopiikkisten pintarönsyllisten versojensa perusteella. Mesimarjan ja lillukan risteymä mesilillukka (Rubus x castoreus) on Pohjois-Suomen luonnossa melko yleinen. Se muistuttaa usein lillukkaa ja kasvaa samoilla paikoilla lillukan kanssa, eikä mesimarjakaan ole yleensä kaukana. Mesilillukka ei yleensä tuota hedelmää vaan levittäytyy rönsyillään laajoiksi kasvustoiksi.