Mesimarjan marjantuotanto riippuu pölytyksen onnistumisesta eli kasvi tarvitsee marjojen ja siementen tuottamiseen hyönteisten apua. Pölyttäjinä toimivat kimalaiset ja mehiläiset, joita kasvi houkuttelee kukkiin värikkäiden terälehtiensä avulla. Vastalahjaksi pölytyksestä kukka tarjoaa ravinnoksi makeaa mettä.
Mesimarjan kukka on kaksineuvoinen eli kukassa on sekä heteet että emit. Kasvi ei kuitenkaan pysty hedelmöittämään emejään omien heteidensä siitepölyllä. Hedelmöittyminen on mahdollista vain, jos pölyttäjä siirtää kukan emilehdille toisen mesimarjakannan siitepölyä. Siitepölyhiukkanen hedelmöittää emin, mistä syntyy siemen. Jokaisen siemenen ympärille mesimarja kehittää mehevän maltokerroksen. Mitä enemmän onnistuneita pölytyksiä, sitä useampilohkoinen ja suurikokoisempi marja yhdestä kukasta muodostuu.