Mesimarjan alkuperäisiä kasvupaikkoja ovat erilaiset korvet, rantametsiköt ja -kivikot ja maan keskiosissa lehtomaiset kangasmetsät.
Parhaiten mesimarja viihtyy avoimilla kasvupaikoilla, kuten ojanreunoilla, laitumilla ja hakkuuaukkojen reunoilla. Erilaiset häiriöt, jotka raivaavat maanpinnan paljaaksi kilpailevista kasveista, ovat lajille hyödyllisiä. Siksi mesimarjan kulta-aikaa olivat perinteisen suomalaisen maatalouden vuosisadat. Metsälaitumilla vaelteleva karja piti pitkät heinät kurissa ja talloi maanpinnan rikki mesimarjan tapaisten pioneerikasvien valloitettavaksi. Myös niitynreunat ja etenkin kaskimetsät olivat kasvin suosiossa.
Voimaperäisemmän viljelyn vaikutuspiirissä laji näyttää nopeasti taantuvan ja häviävän. Nykyisin mesimarjoja löytää varmimmin Keski- ja Pohjois-Pohjanmaan merenrantaniityiltä ja joenpenkereiltä.